Vytautas Urbanavičius gimė 1935 m. liepos 3 d. Jurbarko valsčiuje, Skirsnemunės kaime. Šeima gyveno šalia Skirsnemunės buvusiame Molynės kaime. Nuo 1942 m. ketverius metus mokėsi Skirsnemunės pradžios mokykloje, 1947–1950 m. – naujai įsteigtoje Skirsnemunės septynmetėje mokykloje. Skirsnemunėje visa klasė pagarbiai jį vadino „Molynės profesoriumi“, nes buvo apsiskaitęs ir smalsus. 1950 m. įstojo į aštuntą Jurbarko vidurinės mokyklos klasę, o 1953 m. šeimai persikėlus į Zarasus, 1954 m. čia baigė vidurinę mokyklą ir tais pačiais metais įstojo į Vilniaus universitetą, Istorijos-filologijos fakulteto istorijos specialybės kursą. 1959 m. baigęs universitetą gavo istoriko ir vidurinės mokyklos istorijos mokytojo kvalifikaciją suteikiantį diplomą.
V. Urbanavičiaus archeologinis kelias prasidėjo dar būnant trečio kurso studentu. Karjeros pradžia susijusi su vienu unikaliausių radinių, aptiktų 1957 m. vasarą Vilniuje, Antakalnyje, Smėlio gatvėje, – Vilniaus mamutu. 1957 m. rugpjūčio 1–15 d. vyko tyrimai, kuriuose V. Urbanavičius darbavosi kartu su Istorijos instituto archeologais Alge Jankevičiene ir Pranu Kulikausku.